El CUCSur participa en la investigación y gestión de ocho sitios Ramsar: Laguna Barra de Navidad, Estero la Manzanilla, Laguna de Chalacatepec, Reserva de la Biósfera Chamela-Cuixmala, Estero Majahuas, Estero el Chorro, Laguna Xola-Paramán y Sistema Estuariano Lagunar Agua Dulce el Ermitaño.